Территория Прибайкальского национального парка представляет динамичное сочетание степных и лесных ландшафтов, с включениями степных озер, живописных песчаных бухт и заливов Байкала, украшенных причудливой формы утесами и мысами.
По богатству и уникальности растительного и животного мира, количеству редких видов флоры и фауны, разнообразию ландшафтов, обилию археологических памятников Прибайкальский национальный парк превосходит любую другую охраняемую территорию Байкальского региона.
Особенно примечательны горные каменистые степи Приольхонья, населенные растениями-реликтами – выходцами из тундр Арктики, степей и пустынь Центральной Азии, местными эндемиками; песчаные дюны острова Ольхон и реликтовый ельник — живое свидетельство почти полностью вымершей флоры доледникового периода; пустынные степи окрестностей соленых Тажеранских озер; темнохвойные кедрово-пихтовые дебри; участки тундры и заросли кедрового стланика на водоразделах рек Зундук и Иликта, Кочерикова и Анай.
Самая крупная природная достопримечательность парка – остров Oльxoн является главной сакральной точкой священного Бaйкaла, географическим центром этнической территории бурят, проживающих в Предбaйкaлье и Забaйкaлье, а также местом концентрации редких и эндемичных видов растений и животных, некоторые из которых встречаются только на острове.