Озеро Байкал вошло в Список всемирного природного наследия в 1996 году как выдающийся пример пресноводной экосистемы. Согласно Конвенции о всемирном наследии, для присвоения статуса участка Всемирного природного наследия объект должен соответствовать одному из 4 критериев. Озеро Байкал и прилегающие территории соответствуют всем этим критериям:
(vii): объект содержит уникальные природные явления или территории исключительной природной красоты и эстетической важности;
(viii): объект является выдающимся примером, представляющим собой основные этапы истории Земли, включая историю жизни, значительные продолжающиеся геологические процессы в развитии рельефа или значительные геоморфологические или физиографические особенности;
(ix): объект является выдающимся примером, представляющим собой значительные текущие экологические и биологические процессы в эволюции и развитии наземных, пресноводных, прибрежных и морских экосистем и сообществ растений и животных;
(x): объект содержит наиболее значимые природные места обитания для сохранения биологического разнообразия, в том числе ареалы исчезающих видов, имеющих выдающуюся всемирную ценность с точки зрения науки или сохранения окружающей среды.
Важнейшую роль в сохранении экосистемы озера Байкал играют окружающие его особо охраняемые природные территории – так называемое «заповедное ожерелье Байкала». Во-первых, оно выполняет буферную функцию по отношению к акватории (от экологического состояния окружающих Байкал ландшафтов во многом зависит судьба самого озера), во-вторых, природное окружение Байкала представляет огромную ценность само по себе: ведь это обширные леса и болота, экзотичные формы рельефа, богатейшая фауна и флора.
ФГБУ «Заповедное Прибайкалье» управляет 2 особо охраняемыми территориями, которые вошли в состав участка Всемирного наследия «Озеро Байкал» — Байкало-Ленским заповедником и Прибайкальским национальным парком. Сохранение этих территорий – важнейшая задача ФГБУ «Заповедное Прибайкалье», так как природные ценности Прибайкалья составляют достояние всего человечества.