Заказник «Красный Яр» расположен в Прибайкальской области гор южной Сибири — предгорьях Приморского хребта, на западном макросклоне Онотской возвышенности на водоразделе бассейна реки Куды и озера Байкал.
Территория заказника относится к природной зоне тайги и подзоне южной тайги, и расположена в высотном поясе темнохвойной тайги (500 — 943 м над уровнем моря).
Заказник существует с середины ХХ века, благодаря его созданию на территории сохранилась высокая плотность диких животных и среда их обитания.
