Байкало-Ленский заповедник занимает южную треть Байкальского хребта. Его территория относится к природной зоне тайги, подзоне южной тайги.
В Байкало-Ленском заповеднике представлено несколько высотных поясов. Нижняя граница пояса территории – 456 метров над уровнем моря (берег оз. Байкал), верхняя граница пояса – 2201,5 метров (горы в истоках р. Правый Толококтай).
Более 80% территории заповедника покрыты лесами, преимущественно таежными. Также представлены степи, подгольцовые стланники и редколесье, горные тундры и альпийские луга.
Природные комплексы Байкало-Ленского заповедника практически не нарушены деятельностью человека, здесь можно увидеть природу Прибайкалья в естественном состоянии. Территория заповедника играет важную роль резервата для множества видов животных, которые могут чувствовать себя в безопасности на охраняемой территории.
