На территории заказника расположены два крупных высокогорных озера – Агульское и Медвежье.
Основными реками заказника являются реки Большой и Малый Агул с притоками.
| Название | Протяженность (км) в пределах ООПТ | Площадь (га) в пределах ООПТ |
| Озеро Агульское | 10,70 | 830 |
| Озеро Медвежье | 6,15 | 370 |
| Река Большой Агул | 62 | нет данных |
| Река Малый Агул | 70 | нет данных |
