Контроль соблюдения особого охранного режима осуществляет государственная инспекция ФГБУ «Заповедное Прибайкалье».
На территории Байкало-Ленского заповедника, Прибайкальского национального парка и заказника «Красный Яр» службу охраны осуществляют 2 подразделения:
- Отдел охраны состоит из государственных инспекторов, работающих в территориальных подразделениях — лесничествах ФГБУ «Заповедное Прибайкалье». Всего в организации 13 лесничеств, штат государственных инспекторов – 110 человек. Руководитель отдела – заместитель директора по охране Пестерев Василий Леонидович.
- Оперативная группа ФГБУ «Заповедное Прибайкалье», состоящая из 20 человек, занимается контролем соблюдения природоохранного режима на территории всех ООПТ. Руководитель оперативной группы – старший государственный инспектор в области охраны окружающей среды Русин Евгений Андреевич.
На территории Тофаларского заказника охрану осуществляют государственные инспекторы, базирующиеся на кордонах на территории и совершающие регулярные рейды. Руководство их работой осуществляет заместитель директора – руководитель Тофаларского заказника Богатырь Владимир Захарович.
Государственные инспекторы – сотрудники лесничеств занимаются патрулированием вверенной территории, борьбой с браконьерством, тушением лесных пожаров, помогают в работе сотрудникам научного отдела, ведут просветительскую работу с посетителями ООПТ, сопровождают туристические группы и занимаются разнообразной хозяйственной деятельностью. Государственные инспекторы, работающие в опергруппе, занимаются исключительно проведением рейдовых мероприятий на всех территориях ФГБУ «Заповедное Прибайкалье». Это мобильное внетерриториальное подразделение, значительно повышающее эффективность работы по охране вверенных территорий.