Проведенные в заповеднике исследования показали что зоопланктон в пойменных прибрежных и высокогорных озерах представлен 130 таксонами относящимися к двум классам, 24 семействам и 60 родам. Наиболее типичными группами являются коловратки (60 видов), ветвистоусые (44 вида) и веслоногие (20 видов), причем 7 видов коловраток и 2 вида ракообразных выделены для водоемов Восточной Сибири впервые.
В различных водоемах заповедника обитает 16 видов рыб. В Лене обычны сибирский хариус, обыкновенный сиг, ленок, обыкновенный валек и налим. Щука и окунь встречаются только в озере Северном на мысе Покойном. Еще до создания заповедника исчез из состава ихтиофауны таймень. В горных озерах обитают хариус (включая карликовую форму) и сибирский голец, а в реках встречается алтайский гольян.
Земноводные и пресмыкающиеся.
В пределах заповедника (преимущественно в низкогорьях. степях или в долине Лены) отмечены остромордая и сибирская лягушки, а также сибирский углозуб. Среди пресмыкающихся обнаружены два вида ящериц (живородящая и прыткая обе очень редки) и два вица змей — обыкновенная гадюка (встреченная только в окрестностях с. Чанчур на Лене) и щитомордник Палласа.
Фауна птиц заповедника насчитывает 276 видов, из них 146 гнездящихся, а для 29 видов гнездование предполагается, 50 пролетных видов, зимующих и залетных — по 5. Наиболее типичны птицы горной тайги, менее характерны орнитокомплексы водно-болотных, высокогорных и степных ландшафтов. Водоплавающие представлены почти всеми видами, типичными для данного региона, но численность их в период гнездования незначительна (обычны гоголь, большой крохаль, чирок- свистунок и кряква). На побережье Байкала, особенно на мысах Большой и Малый Солонцовые обычен горбоносый турпан, сравнительно редкий на других участках Западного Байкала. Редки на гнездовье широконоска, серая утка и касатка. Численность водоплавающих птиц за годы существования заповедника заметно увеличилась. Растет обилие огаря (гнездится 5-8 пар). Из других редких видов водоплавающих птиц можно выделить залет белого гуся и встречи на пролете пискульки, клоктуна и черной кряквы.
Довольно много различных уток (кряква, чирки, свиязь, хохлатая чернеть, гоголь и др.), а также лебедей, гуменников и крохалей встречаются на пролете в прибрежной зоне Байкала и по ближайшим водоемам. На лагунных озерках и заливчиках с травяными берегами оседают на гнездовье не только многие водоплавающие птицы, но и различные кулики (общее число ржанкообразных в заповеднике более 30), в частности перевозчик, фифи, азиатский и обыкновенный бекасы, малый зуек. Там же постоянно обитают серебристая чайка и речная крачка, образующие осенью заметные скопления. По долине Лены выражен (хотя и не очень четко) постоянный пролетный путь многих видов птиц. На побережье Байкала отмечены запеты чегравы и белой чайки. Среди редких куликов на пролете у берега Байкала наблюдались кроншнеп-малютка и длиннопалый песочник.
Из хищных птиц в заповеднике – типичные обитатели горно-таежных ландшафтов: ястребы тетеревятник и перепелятник, обыкновенный канюк, черный коршун, чеглок, пустельга. Ранее в этой местности был довольно обычен орлан-белохвост, но в настоящее время на гнездовье он здесь не отмечается. По притокам Лены (р. Тонгода) изредка гнездится скопа. По долине Лены обнаружено несколько пар сапсанов. Зимует в заповеднике и кречет. Возможно гнездование беркута (отдельные встречи в зоне высокогорий). В гнездовой период встречены дербник и орел-карлик. На степных участках мыса Рытого возможно гнездование могильника и балобана.
В заповеднике обитают все виды сов, характерные для Прибайкалья. Довольно обычными являются болотная и ушастая сова, бородатая и длиннохвостая неясыти. Сравнительно редки ястребиная сова, филин, сплюшка и мохноногий сыч. В отдельные годы зимой регистрируются белые совы. Из голубей для побережья Байкала характерен скалистый голубь, а в лесах низкогорий — большая горлица. Лишь в последние годы здесь стал гнездиться новый для Прибайкалья вид — клинтух. Очень характерны три вида стрижей (белопоясничный — у побережья Байкала, черный в долине Лены, иглохвостый в поясе высокогорий), два вида кукушек (обыкновенная и глухая). Удод встречается по скалистым участкам байкальского побережья. Типичны семь видов дятлов, из которых наиболее многочислен большой пестрый.
Среди куриных птиц массовым видом горно-таежного пояса является рябчик, предпочитающий смешанные леса с наличием ягодников. Широко распространен и глухарь, тогда как тетерев тяготеет к западному макросклону хребта и распределен здесь мозаично. К редким для заповедника обитателям относятся бородатая, белая и тундряная куропатки. Первая из них обитает на мысах Рытьгй, Шартла, Анютхе и Покойный, два других встречаются в гольцовой зоне. Очень редко гнездится перепел.
Воробьиные птицы представлены примерно 120 видами, среди которых наиболее типичны обитатели горно-таежных и лугово-ерниковых ландшафтов. У самого Байкала в зарослях ивняка и боярышника гнездятся сорокопуты-жуланы, дубровник и другие овсянки (бело-шапочная, рыжая, седоголовая). Для низкогорий наиболее характерны дрозды (темнозобый, оливковый сибирский, пестрый, рябинник и др.), певчий и пятнистый сверчки, горихвостки, различные пеночки, мухоловки, соловьи (красношейка и синий), овсянки, синицы, ласточки, трясогузки в зимнее время свиристель и клесты, а также несколько видов врановых птиц: ворон, ворона, даурская галка. Характерны и кочующие формы врановых: кедровка, сойка, кукша. Все эти птицы находят для себя хорошие кормовые и защитные условия.
Комплекс воробьиных птиц горно-таежного пояса типичен для региона. Это, прежде всего, буроголовые гаички, московки, поползни несколько видов таежных пеночек, овсянок, соловьев, а также многие виды, указанных ранее дня лесов низкогорий и долин (врановые и др.). Несколько беднее комплекс воробьиных птиц высокогорных ландшафтов. Только здесь гнездятся краснобрюхая и, возможно, красноспинная горихвостки, полярная овсянка, горный конек, альпийская, бледная и гималайская завирушки, сибирский и, возможно, гималайский вьюрок, восточный воронок.
На степных участках байкальского побережья гнездятся рогатый жаворонок, обыкновенная каменка, каменка-плясунья, плешанка, пестрый каменный дрозд, овсянки красноухая и (возможно) Годлевского. К особо редким воробьиным птицам можно отнести крапивника, желтоголового королька.
Млекопитающие Байкальского заповедника изучены значительно лучше других групп животных. К настоящему времени здесь выявлено обитание 52 видов млекопитающих, типичных для северо-сибирской области Палеарктики (10- насекомоядных, 7-рукокрылых, 16 грызунов, 2- зайцеобразных, 12-хищных, 1-ластоногих и 5 копытных). Эндемиком является только байкальская нерпа.
Среди насекомоядных преобладают бурозубки. Их насчитывается восемь видов. Наиболее обычными являются обыкновенная, средняя, равнозубая. Более редки малая, крошечная, крупнозубая, тундровая и бурая. Средняя бурозубка широко распространена во всех лесах и зоне высокогорья, тогда как равнозубая тяготеет к типичной тайге, а обыкновенная — к долинам рек. По рекам западного макросклона главного хребта встречается кутора, а в долине Лены у поселка Чанчур отмечен сибирский крот.
Из отряда хищных первым, по традиции, можно назвать соболя, самого многочисленного представителя семейства куньих и типичного обитателя горной тайги. В начале XX века численность данного вида в северном Прибайкалье была снижена до предела, но все таки зверьки сохранялись в истоках Киренги и Улькана (по верховьям Лены возможно уже был истреблен). Восстановление шло в 1930-50-х годах, преимущественно за счет местного очага, но некоторую роль сыграли и выпуски зверьков в 1947 г. и 1949 г. по реке Анай (они были отловлены в Бодайбинском районе на Витиме). Соболь занимал ведущее место в охотничьем хозяйстве региона, но в 1970-80-х годах его поголовье в районах Верхоленья. из-за неумеренного промысла, начало вновь снижаться.
В настоящее время соболь населяет все леса заповедника, включая массивы кедрового стланика в зоне высокогорий. Показатели плотности населения в различных угодьях — от 1.5-2 до 8-12 и даже до 20 особей на 1000 га. Всего в заповеднике примерно две тысячи соболей. Наилучшие условия он находит в кедровниках высокогорий. В 1992-1993-м годах наблюдалась экстремальная по кормовым условиям ситуация (отсутствие кедрового ореха и низкая численность грызунов), в результате которой численность соболей сократилась примерно втрое и восстановилась через три года. Заповедник является естественным резерватом ценного пушного вида для окрестных охотугодий, куда расселяются зверьки при увеличении их поголовья.
Из других куньих обычны по долинам рек и в некоторых других биотопах горностай и ласка. Не представляет редкости и выдра, численность которой в заповеднике заметно выше, по сравнению со смежными участками. На реках западного макросклона показатели ее численности составляют от 0,5-1,5 до 3,0-5.0 особей на 10 км речного русла. Летом благодаря перемещениям зверей вслед за поднимающейся вверх по течению рыбой, эти показатели заметно снижаются. Относительное обилие выдры как следствие благоприятных для этого вида гидрологических и кормовых условий — одна из особенностей териофауны Байкало-Ленского заповедника. Основным кормом для выдры являются мелкие хариусы и налимы, хотя звери подчас ловят и крупных — до 2-х кг ленков или сигов. Зимой выдры часто используют в пищу мясо утонувших в полыньях копытных, а при урожае кедровых семян и обилии паданки — кедровый орех. В это время они иногда совершают миграции, переходя через местные водоразделы. Общее число этих зверей в заповеднике довольно стабильно — около 100-120 особей.
Росомаха встречается повсеместно, но бывает относительно обычна только в местах зимовок копытных зверей. Будучи хорошо приспособлена к условиям глубокоснежья, она широко перемещается, становясь иногда «нахлебницей» в местах постоянных волчьих охот. В заповеднике обитает примерно 20-25 росомах.
Рысь постоянно обитает только в относительно малоснежной юго-западной части заповедника и на восточном макросклоне Байкальского хребта. В отличие от обитающих здесь же волков, которые держатся преимущественно по долинам, рысь предпочитает участки с резко пересеченным рельефом, прокладывая тропы по гребням хребтов. Она сочетает большие переходы с длительными остановками на кормовых участках, где охотится на копытных (марал, кабарга, косуля), зайцев и боровую дичь. Численность рыси в заповеднике — до 30 особей.
Волки обычны в заповеднике и их распространение тесно связано с наличием копьггных зверей Летом этот хищник встречается по всей его территории, зимой же концентрируется в местах кормежки маралов, лосей и северных оленей. Чаще всего жертвами волков становятся маралы. Здесь обитает 6 стай волков общей численностью около 35 особей, которые осваивают и территории смежные с заповедником.
Лисиц в заповеднике примерно столько же, сколько и волков, но обычен этот вид только в горно-лесостепных ландшафтах южной половины байкальского побережья, хотя изредка встречается и на других участках, вплоть до высокогорий. На западном макросклоне хребта довольно редка.
Бурого медведя признают своеобразным символом Байкало-Ленского заповедника. Он является самым обычным видом среди крупных хищников и населяет практически всю заповедную территорию. В западной части заповедника медведи сравнительно оседлы. Показатели плотности их населения здесь достигают 0,6-1,0 особи на 1000 га. Медведи, населяющие восточную часть заповедника подвижны. Звери осваивают оба макросклона Байкальского хребта, порой сосредотачиваясь на отдельных кормных участках.
Из берлог медведи обычно выходят во второй половине апреля. Сразу после спячки они кормятся на прогреваемых склонах (марянах), где рано сходит снег и появляется ранняя зелень. Затем они концентрируются на участках заповедного побережья — от южной его границы до мыса Саган- Марян. В июне на Байкале идет массовый вылет насекомых – байкальских ручейников, которыми кормятся медведи. Одновременно бычки-подкаменщики откладывают икру на прибрежные камни у самого уреза воды. Все это привлекает сюда медведей и в этот период на берегу можно одновременно видеть по 6-7 зверей, кормящихся белковой пищей. Они с грохотом переворачивают прибрежные камни, слизывая ручейников или икру, не обращая внимания на происходящее вокруг. Довольно часто попадают в медвежьи лапы и трупы байкальских нерп. В связи с этим в мае-июне на побережье Байкала показатели численности медведей могут достигать 6-8 особей на 1000 га.
В конце июня — начале июля медведи переходят на склоны хребтов, к горным полянам и альпийским лугам с богатой растительностью. Показатели плотности на таких участках достигают 2-4 особи на 1 ООО га. В августе медведи переходят на ягодники, а позднее концентрируются в кедровниках и зарослях стланика, где кормятся орешками, чтобы накопить жир для зимовки. Годы полного неурожая орехов случаются в Прибайкалье редко, примерно через 20-30 лет. Такое явление наблюдалось в 1992-93 гг. и вызвало двукратное снижение численности медведей, а также появление голодных зверей-шатунов, опасных для человека. В обычных условиях медведи не агрессивны, но все-таки в тайге приходиться соблюдать осторожность, избегая неожиданных контактов с ними (особенно это касается медведиц с потомством). При любом удобном случае медведи пытаются добывать копытных животных. Время залегания медведей в берлоги совпадает с установлением снежного покрова и первых морозов (обычно в конце октября).
Байкальская нерпа регулярно встречается у заповедного побережья Байкала. При проектировании заповедника в 1984 г. на участке побережья от устья реки Большая Ледяная до мыса Кедровый насчитывали до 100 нерп, которые держались довольно крупными группами. Преследование людьми сказалось на сокращении численности нерпы, но в настоящее время ее обилие восстанавливается. Залежки ее обычны на всем протяжении побережья Байкала (в пределах заповедника). Наиболее крупные лежбища нерпы известны у Саган-Маряна и реки Ледяной (несколько десятков особей).
Размещение и численность копытных зверей в большой мере зависит от условий рельефа, растительности, высоты снежного покрова зимой и ряда других факторов. Разнообразие природных условий заповедника обусловило неравномерность распределения копытных и частые перемещения (местные миграции) по территории.
Кабарга является здесь довольно обычным и оседлым видом, но ее распространение носит очаговый характер. Наиболее благоприятны для кабарги леса восточного макросклона Байкальского хребта, а также бассейны рек Б. Анай и Аллилей. В темнохвойных лесах горных склонов показатели ее численности составляют 15-20 особей на 1000 га. В бассейне Киренги, истоках Тонгоды и Лены данный вид практически не встречается.
Лось обычен по западным склонам главного хребта. Летом эти звери концентрируются у отдельных («кормовых”) озер и по долинам рек вплоть до подгольцовья. На отдельных участках численность лосей может достигать 6-8 особей на 1000 га. К осени они откочевывают на юго-запад, нередко за пределы заповедника. Основные места зимовок лося находятся в бассейнах рек Лены и Туколонь (от 0,5 до 2,0 на 1000 га). Общее число зверей в заповеднике в зимний период в зимний период не превышает 200 особей. Заповедник содействует увеличению поголовья этого вида.
Благородный олень (марал или изюбрь) — типичный вид. распространенный по всему заповеднику. Подвидовая принадлежность этих оленей требует уточнения, но типичные фенотипы марала или изюбря у большинства встречаемых зверей не выявлены (или же отмечаются крайне редко). Преобладают животные с признаками двух подвидов. Устоявшееся местное название — изюбрь, хотя правильнее говорить о марале.
В заповеднике существуют две территориальные группировки этих животных, обитающие на разных склонах Байкальского хребта. На восточном макросклоне зимует около 400 оленей. Плотность населения в лучших стациях (горной лесостепи) достигает 15-20 особей на 1000 га. Весну маралы проводят в этих же угодьях, поэтому в мае на марянах можно видеть оленей, которые пасутся вблизи от кормящихся здесь же медведей. Летом маралы на побережье встречаются реже, так как частично откочевывают в зону высокогорий на свежую зелень альпийских лугов. К периоду гона, начинающегося на побережье Байкала в конце сентября, эти олени вновь сосредотачиваются на восточных склонах главного хребта. Звуки их рева можно слышать почти из любой точки побережья, а на некоторых участках одновременно ревет до 5-6 оленей.
Благородные олени западного макросклона Байкальского хребта не столь многочисленны (показатели плотности населения — 2-3 особи на 1000 га по долинам рек летом до 7-10 на отдельных участках в период гона). Рев здесь начинается примерно на декаду раньше, чем на Байкале. На зиму они откочевывают на юго-запад, покидая территорию заповедника. Основные зимовки расположены у западной его границы южнее р. Киренш. К марту в заповеднике остается порядка 200 благородных оленей, зимующих при глубине снега от 40 до 70 см. Показатели плотности населения здесь неравномерны (от 0,3-0,5 до 5-7 особей на 1000 га). Кроме того, одиночные олени или небольшие их группы успешно зимуют и в зоне глубокоснежья, выбирая участки крутых склонов южных экспозиций или наледей, где глубина снега не столь значительна. Общее количество оленей в заповеднике составляет около 600 особей.
На Байкальском хребте в недалеком прошлом самым многочисленным видом среди копытных был дикий северный олень (горно-лесная форма). Сейчас его численность заметно сократилась, однако он остается обычным видом в заповеднике, осваивая почти всю его территорию, за исключением лесов восточного макросклона и угодий южнее реки Анай.
Для северных оленей (местное название — согжой) характерны вертикальные сезонные миграции. Летом они пасутся преимущественно в зоне высокогорий, на гольцах и горных тундрах. В конце июня и в июле при тихой ясной погоде за дневной маршрут в 20-30 км можно встретить до 30-40 северных оленей, спасающихся от гнуса на снежниках. В августе, когда появляются грибы, а количество кровососущих насекомых уменьшается, олени начинают спускаться в лесной пояс, постепенно мигрируя к западу. Интенсивность их перемещений связана с выпадением снега и его глубиной. Основные места зимовок находятся в бассейне Киренга и озера Тулон, а также в вершине реки Берея. Северные олени из бассейнов рек Киренги и Тонгоды зимуют в бассейне р.Ногай. Олени бассейна р. Лены зимуют на pp.Сухая, Негнедай, Анга и в окрестностях оз.Тулон, включая бассейн р. Джигдахан и верховья р. Береи. Часть оленей спускается вниз по Лене за пределы заповедной территории. Если летом в заповеднике насчитывается 300-400 северных оленей, то в конце зимы — не более сотни. Зимующие звери чаще встречаются в бассейне Лены, некоторые табунки — на малоснежных участках гольцов (на выдувах). За пределами заповедника северные олени интенсивно преследуются охотниками, поэтому численность их остается низкой. Весенняя миграция, когда звери поднимаются к высокогорьям, проходит с конца апреля до середины нюня (в зависимости от оседания и таяния снегов).
Сибирская косуля в заповеднике встречается почти повсеместно. В летний период она довольно многочисленна (до 10 особей на 1000 га), во всяком случае более обычна, чем другие виды копытных. На восточных склонах Байкальского хребта она осваивает участки со сглаженным рельефом у подножий и нижние части склонов. Летом животные придерживаются подходящих участков на всем протяжении заповедного побережья, а зимой встречаются только в южной его половине. Общее количество косуль в заповеднике зимой не более 50 особей. Численность ее, из- за интенсивного преследования за пределами заповедника, сокращается.
Отряд зайцеобразных представлен в заповеднике двумя видами — зайце м-беляком и северной пищухой. Беляк придерживается долинных лесов западного макросклона. Встречается он и в разреженных лесах у побережья Байкала. Пищуха типична для гольцовых россыпей, но встречается и в лесном поясе. Численность этих видов, так же как и большинства лесных грызунов, значительно меняется по годам.
Среди шестнадцати видов отряда грызунов особого внимания заслуживает обыкновенная белка. В период проектирования заповедника в 1984 г. численность белки была высока. В смешанных лесах бассейна Лены обитало до 23-32 зверьков на км. В настоящее время ее обилие заметно ниже, чем на опромышляемых территориях. Редким, но характерным видом верхоленской и прибайкальской тайги можно считать летягу, а многочисленным — бурундука, наиболее обычного по таежным склонам и в зарослях кедрового стланика. В связи с разнообразием кормов этого вида, его численность более стабильна.
Одним из наиболее редких и ценных зверей в заповеднике можно считать черношапочного сурка, который находится здесь на юго-западной границе ареала вида. Сурки обитают только в гольцах, придерживаясь горных цирков по верховьям рек и ручьев с крупноглыбистыми россыпями и субальпийскими лужайками с густой травянистой растительностью. Крупных его поселений здесь не обнаружено, встречи довольно редки (в прошлом этот вид активно преследовался здесь охотниками). Он занесен в Красные книги России, Иркутской области и Бурятии.
